造血干细胞移植后常见的有以下几种并发症：
1、感染。感染根据病原体的不同会表现为各种各样的感染，比如病毒的感染，最常见的是巨细胞病毒，还有EB病毒的感染，BK病毒，JC病毒的感染。细菌的感染，细菌最常见的是肺部的感染。还有真菌的感染，还有机会性的感染，比如耶氏肺孢子虫的感染，这些都是移植后最常见的感染的类型；
2、移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病；
3、复发的问题，无论是良性疾病还是恶性疾病都会面临这个问题；
4、出血性膀胱炎，这个主要与病毒感染有关；
5、免疫重建缓慢的问题，因为造血干细胞移植后一般 分两个方面，造血重建和免疫重建，免疫重建的缓慢会使患者面临各种各样的感染可能。