唾液腺囊肿可在抽尽囊液后，向囊腔内注入2%碘酊0.2-0.5ml，停留2-3分再将碘酊抽出，其目的是破坏上皮细胞，使其失去分泌功能而不再形成囊肿。小唾液腺黏液腺囊肿通常在局部浸润麻醉下，纵向切开黏膜，在黏膜下，囊壁外面钝性、锐性分离囊壁，取出囊肿，周围腺组织应尽量减少损伤，和囊肿相连的腺体应与囊肿一并切除，以防复发。
反复损伤的黏液腺囊肿可形成瘢痕，并与囊壁相粘连，不易分离，此类病例可在囊肿两侧做梭形切口，将瘢痕、囊肿及其邻近组织一并切除，直接缝合创口，切除术后多次复发，可在切除囊肿后手术创面用二氧化碳激光处理。舌下腺囊肿的治疗方法 是切除舌下腺和囊肿。