肝动脉化疗栓塞术较安全，术后并发症少，可能出现的并发症是穿刺部位局部血肿、出血。术后肝区疼痛主要是栓塞后胀痛，恶心、呕吐等消化系统反应是化疗药物导致，可以对症使用止吐药物。栓塞治疗后局部出现坏死，可能会引起发热，对症处理主要是退热，必要时给予抗生素治疗。
肝功能损伤通常是一过性，积极护肝治疗后可在短期内好转。肝动脉化疗栓塞术的并发症，还包括异位栓塞，临床较少见，本来堵塞肿瘤血管的栓塞剂飘到其它部位，如肺部，可引起肺部血管堵塞，导致咳嗽、呼吸困难等，到脑部可引起中风等，但可能性较小。肝动脉化疗栓塞术最常见的术后并发症，为一过性肝区疼痛以及消化系统反应，如恶心、呕吐等。