非疾病性状的选择，比如性别、身高、肤色、容貌，不允许做第三代试管婴儿。对于家族性遗传性疾病的携带，比如X连锁的遗传性疾病携带，经过严格的遗传咨询和诊断，可以选择不含有致病的胚胎进行移植。第三代试管婴儿是胚胎着床前的遗传学检测，主要是针对于夫妇双方或者是一方有染色体异常，比如常见的罗氏易位、平衡易位、倒位等人群。
对于某些单基因病，比如地中海贫血、苯丙酮尿症、白化病等遗传性疾病，需进行胚胎着床前的遗传学诊断。除此之外对于高龄孕产妇，有反复着床失败或者反复流产的人群，也可以在胚胎着床前进行遗传学筛查。