幽门螺杆菌目前主要是通过药物治疗，期间可以喝咖啡。治疗幽门螺杆菌的药物有抑制胃酸的药物、2种抗生素和铋剂，此4种药物和咖啡之间并没有冲突，所以治疗幽门螺杆菌感染期间可以饮用咖啡。上述4种药物中，抑制胃酸的药物包括质子泵抑制剂，如奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、艾司奥美拉唑等，都可以抑制胃酸、保护黏膜，发挥抗生素的作用。抗生素主要是选用阿莫西林、克拉霉素作为一线方案，如果是青霉素过敏者，可以选择痢特灵、四环素、米诺环素等二线药物进行替代。
四联药物当中除2种抗生素、抑酸药以外，还 包括铋剂，服用4种药物进行治疗期间可以喝咖啡。但部分患者禁止饮酒，因为有些抗生素可以和酒精发生冲突，引起双硫仑样反应。治疗幽门螺杆菌期间可以喝咖啡，但应当戒酒。