扁桃体发炎时，不建议拔智齿。除非这个时候智齿非常严重，引起了智齿周围的脓肿，甚至引起了咽旁间隙的脓肿，可能会带来更大的不利，这个时候可能会在积极地术前、术中、术后抗感染的情况下，才会采取拔智齿的这种操作。
因为扁桃体和智齿所在的区域紧密相连，如果扁桃体发炎，会波及到智齿周围的皮肤黏膜出现炎症。如果在这个时候去做拔智齿的操作，可能会造成感染的血行播散，一旦造成了感染的血行播散，就可能会引发脓毒血症、全身性的感染，对于尤其是免疫功能状态不好的患者，可能会产生致命性的打击。所以，如果不是十分迫切的情况下，在扁桃体发炎时不建议拔智齿，否则可能会带来更大的损伤。