如果根尖脓肿不进行相应治疗，而是任其发展，后果是会导致牙齿根尖区的炎症堆积，脓肿越来越大，逐渐导致牙槽骨吸收，从牙槽骨突破，表现为牙根、牙龈上形成瘘管，瘘管可能会流脓，此为根尖脓肿不治的初步后果。如果继续发展，会导致根尖区的牙槽骨形成更大范围的吸收，逐渐牙齿、牙龈以及牙周纤维会出现慢性炎症，导致吸收、破裂等，牙齿会出现松动、脱落，此为根尖脓肿不治的最后结果。
有些患者还有可能会导致根尖区脓肿扩散，形成周围组织的感染，如口腔颌面部间隙感染，出现牙槽骨的炎症、颌骨的骨髓炎等。因此对于根尖脓肿，要尽早进行根管治疗。