乳糖不耐受和牛奶蛋白过敏，它都可能会导致婴儿的消化问题，但是两者还是存在一些本质的差异。
1、乳糖不耐受：是因为婴儿的肠道内，缺乏分解乳糖的乳糖酶，所以没有办法完全的消化母乳，或者奶粉中的乳糖，从而会引发一系列的消化道症状，比如腹胀、肠鸣音亢进、腹泻等等。一般他在进食乳制品后，半小时到数小时内发作，大便会呈水样或者蛋花汤样，但是一般没有脓血样便，一般不会涉及免疫系统的反应。
2、牛奶蛋白过敏：则是免疫系统的问题。人体正常的免疫系统，会将食物中间的牛奶蛋白识别为"敌人"，并发起攻击。除了腹泻以外，人体还可能会出现皮肤的红疹、荨麻疹，呼吸道的喘 息、呕吐等等多系统的症状。严重时，甚至可能会出现过敏性休克，危及生命。
乳糖不耐受可以通过调整饮食，比如选择一些无乳糖奶粉来缓解；而牛奶蛋白过敏，则需要严格的回避牛奶蛋白，必要的时候，需要给予一些特殊配方的奶粉，来加以治疗。