颅内静脉窦血栓形成最严重的并发症主要有以下几种：
1、脑疝形成。此时颅内压增高，表现为剧烈头痛、恶心、呕吐、视力进行性下降，最严重可以出现意识障碍，如昏迷、呼吸心跳异常；
2、一般海绵窦血栓多继发于面部感染，危险三角区可出现并发脑膜炎或脑脓肿。严重时可以出现高热、烦躁不安，如打人、骂人等精神症状。其次还可以出现癫痫发作、抽风等，甚至严重的时候会出现意识障碍、昏迷；
3、严重患者垂体受累可出现脓肿甚至坏死，引起水电解质紊乱；
4、横窦和乙状窦血栓形成，一般多继发于化脓性乳突炎或中耳炎，可并发吞咽困难、饮水呛咳、构音不清，甚至眼球外展困难；
5、上矢状窦血栓形成常会出现意识障碍较突出，并发脑出血、癫痫发作、抽搐以及肢体偏瘫、偏麻、语言不利、偏盲、全身情况衰弱等。