胶囊胃镜排出体外的时间与个人的排便习惯相关，若患者既往存在便秘的情况，则胶囊胃镜排出体外的时间较长，可能需要3-4天才可排出体外。若患者既往大便习惯正常，即1天一次，则在进行胶囊胃镜检查后1-2天即可排出体外。
若胶囊在2周内尚未排出体外，提示存在胶囊滞留，说明患者存在肠道狭窄，胶囊无法通过狭窄段所致。导致肠道狭窄的常见疾病为克罗恩病，而腺癌、淋巴瘤等肠道肿瘤也可引起狭窄，而隐源性多发小肠溃疡性病变等特殊疾病也可能导致小肠狭窄，从而造成胶囊滞留。
若患者出现胶囊滞留，应根据原因采取相 应的治疗方式。若由于炎症性肠病导致，并无急性肠梗阻的表现，患者可积极进行激素治疗。将炎症性肠病治愈后，胶囊可能会排出。但若是由于肿瘤或其他原因导致的疾病，可能需通过小肠镜检查甚至手术的方式将胶囊取出。