很多截瘫的患者到后期都会出现双下肢神经疼痛，有些患者的疼痛非常剧烈，治疗方法在康复科是进行物理治疗，物理治疗会选用电疗，比如低频脉冲电、中频脉冲电以及超声药物导入。患者可以进行中药熏蒸，当然针灸也是非常常用的镇痛方法，有些病人则可以结合头皮针治疗，进行物理的镇痛治疗。
镇痛离不开药物治疗，常用的药物也是非甾体类的止痛药；还包括神经阻滞，俗称为神经封闭，通常会选用激素、利多卡因，将药物注射到神经干周围，对支配的神经进行阻滞，阻滞以后其所支配的肌肉区域疼痛可能会得到缓解。
而对于非常疼痛的病人也可以采取手术治疗，但毕竟是比较激进的治疗方法，因此并不是十分主张。有的病人疼痛十分非常严重，可以采取神经后索切断治疗。临床上这种病人一般在病房中也会采取综合的康复治疗，还有心理治疗、各种中西医结合治疗，可以有效缓解截瘫患者疼痛的困扰，能够起到比较好的镇痛作用。