肾囊肿在手术前应当明确诊断，要排除重复肾、肾盏积水以及囊性肾癌的可能。当排除以上疾病以后，一般根据适应症选择病例进行手术。巨大肾囊肿指直径＞8cm或者囊液＞500mL，是手术的绝对适应症。对于4cm以上的囊肿也可以考虑行手术治疗。目前手术的方案是腹腔镜肾囊肿去顶减压术，传统的开刀手术通常不再应用于肾囊肿的治疗。腹腔镜肾囊肿去顶减压术主要是通过在腰部建立操作通道，进入腹膜后间隙，通过充分游离，将肾脏和囊肿显露后，切除过多囊壁，放置引流。在手术当中需要注意几个问题，具体如下：
1 、轻柔操作，避免术后出血；
2、注意是否存在小的通路和集合系统相通，这种情况容易出现尿漏；
3、注意保护周围的组织器官，右侧主要是肝脏、十二指肠，而左侧更多的是胰腺或者脾脏等器官。