导致舌咽神经痛的原因很多，在任何一点的舌咽神经传导通路上，受到异常刺激，都可以导致舌咽神经痛。临床上比较常见的是在舌咽神经出入脑干的区域，受到异常压迫。异常压迫常见的是血管，导致舌咽神经痛常见的原因是血管因素，除此之外还有肿瘤。舌咽神经走到颅外段时，棘突过长也会引起疼痛。咽喉部的手术之后，由于局部的组织的瘢痕的挛缩、牵拉，也可以导致疼痛的发生。在舌咽神经的走行的过程中，任何一点出现问题，都有可能导致舌咽神经痛发生。
舌咽神经痛发生之后，病人可能会产生严重疼痛，表现在舌咽神经分布区域内的疼痛，疼痛的性质短暂、剧烈，有时候疼痛会严重影响到进食以及生活。如果出现咽喉部吞咽引起的短暂、剧烈锐痛时，有可能是舌咽神经痛。要沿着舌咽神经的传导通路上检查，可以通过影像学中的核磁共振，以及CT寻找原因。