肝脓肿常见并发症为腹腔感染、肝功能衰竭、胆道出血、应激性溃疡、下肢深静脉血栓形成等，肝囊肿主要表现为肝脏局部脓肿属于炎性反应，若炎症没有得到有效控制，可出现腹腔内甚至全身播散造成局限性腹膜炎或者全腹腹膜炎。若脓肿侵蚀到胆道血管可出现胆囊出血，当感染进一步加重甚至可诱发应激性溃疡导致肝脏功能衰竭，患者可出现转氨酶、胆红素急剧升高，同时肝脓肿属于消耗性疾病，患者可能在长期卧床治疗过程中出现深静脉血栓。
在肝脓肿治疗过程中，需要对肝脓肿病因进行治疗，通过穿刺引流、局部冲洗以及抗生素等方法进行治疗，通常可有效 控制病情。当患者出现相应并发症时，可采取相应治疗措施，比如腹腔感染时需要进行引流，肝功能衰竭需要采取保肝、护肝治疗，深静脉血栓时需要采取溶栓治疗，应激性溃疡时需要使用洛赛克类保护胃黏膜药物治疗，以消除患者不良症状。