硼酸酒精抑菌液可以用来点耳，特别是为点耳设计的硼酸酒精滴耳液，一般是3%-4%浓度，应用于外耳道炎症点耳。但是点耳治疗有一个前提，即鼓膜没有穿孔，而且外道没有皮肤开放性损伤，才可以用硼酸酒精抑菌液点耳。
目前硼酸酒精滴耳液大多数用于外耳道真菌感染，是应用最广泛的适应证。真菌感染时用抗生素滴耳液，并不能抑制真菌生长，反而会由于潮湿导致真菌生长更旺盛，这时只能用硼酸酒精滴耳液进行治疗。
其应用禁忌有鼓膜穿孔、外耳道划伤或开放性损伤，鼓膜穿孔可能使硼酸酒精进入中耳，引起明显疼痛、眩晕。有外耳 道划伤或开放性损伤时，滴耳液滴进去也会有明显疼痛。
另外硼酸滴耳液也不能长期应用于外耳道慢性疾病治疗，硼酸滴耳液里的酒精成分对外耳道皮肤会造成刺激，引起湿疹，可以短期应用于真菌治疗，但最好不要长期点药。