胃肠道间质瘤靶向药物的副作用小了，与耐药之间没有必然关系。靶向药物是治疗胃肠间质瘤的重要手段，也广泛应用于各种恶性肿瘤治疗中，在发挥强大的抗肿瘤作用的同时，也会产生一定副作用。
靶向药物副作用小了就是耐药的说法不正确，两者之间没有必然关系，无论是哪种胃肠道间质瘤的靶向药物，都可能出现副作用，根据患者的自身状况，体现出副作用也有所不同。有些患者应用靶向治疗之后没有明显的副作用，不影响日常生活，而且治疗效果也不错，但有些患者应用靶向药物后，会出现严重的副作用，如皮疹、严重腹泻、手足综合征等，药效却一般，因此并不是靶向药物副作用小了就是耐药。多数患者应用靶向药物一段时间后若无严重的副反应，通过定期复查、随诊可以评估靶向药物治疗的效果。
如果接受某种靶向药物治疗，短时间一般在6个月内发生肿瘤进展，则考虑靶向药物原发耐药的可能，而肿瘤保持稳定和肿瘤明显缩小可以继续服用靶向药物，因此具体情况应该根据临床判断，由临床医生来进行指导。