肝素不属于常规保胎药，但部分情况下可能在移植后，医生会开具肝素进行辅助怀孕。因为患者可能出现高凝状态，如监测血D-Dimer较高，应用抗凝药物如肝素，可能会对胚胎着床具有一定帮助。
部分患者已经移植多次，但均出现移植失败情况，进行相应检查时发现患者处于高凝状态、血栓前状态或患有自身免疫性疾病，可能会继发引起高凝状态、血栓前状态。为预防或治疗此情况，会使用低分子肝素，如果出现免疫性疾病或血栓前状态情况，用药量会相对较大。
如果找不到原因但反复着床失败时，也有文献报道表示，利用肝素后可能会减少患者不良妊娠结局。考虑到可能是由于肝素非抗凝机制，在促进胚胎着床或抑制绒毛凋亡上起到一定作用。因此，部分患者在反复移植失败后，会尝试应用预防量肝素注射。