肛裂最常见的原因是便秘，即过于干、硬的大便从肛门经过时，对肛门产生比较强大冲击，最终造成肛门的皮肤裂口。这种情况下形成的肛裂，核心治疗是避免大便干结，呈现正常排便。
首先要用药解除便秘，其次是局部护理，如进行清水冲洗，保持局部干净，每次排便完清水外洗，毛巾擦干后抹上药膏。最常用的各种痔疮膏一般都兼具肛裂的治疗作用，可以对裂口进行良好保护。
肛裂一般情况下需要比较长时间地用药，肛裂大部分需要1-2周，甚至更长的时间才会彻底愈合。如果没有及时愈合，可能发展成为慢性肛裂。而慢性肛裂可能需要手术治疗，通常药物治疗效果不好。
当然肛裂还有其他原因，比如有一些肠炎，这个时候可能治疗肠炎是主要目标。