肛瘘一般不会自愈，如果不能得到及时手术治疗只会逐渐加重，因为肛瘘属于肛周的一种慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿、肛隐窝感染。肛瘘如果是由于肛窦感染引起无法达到自愈，需要通过手术切除肛瘘的瘘管以及引起原发的感染内口。低位单纯性肛瘘可以直接通过手术方式，通过外口找到内口把管道同时切除，创面敞开以后让瘢痕缓慢愈合即可。
高位复杂性肛瘘建议采用挂线方式，避免出现括约肌全部受损、大便失禁，在术后需要及时换药，以求创面尽早愈合。肛瘘患者除选择手术治疗外，还需要注意肛门周围卫生，每天坐浴清洗，平时注意饮食调理，因为排便不规律容易导 致肛瘘发生。