目前中医治疗肺栓塞并没有固定的方剂，主要是由于肺栓塞的证型比较特殊，需要根据病人具体的栓塞程度进行辨证，常用的药物，如川芎、当归尾、红花、菖蒲、郁金。另外，三七粉、三七花类的活血药也经常选用。
在用药时需要注意，很多活血药物一般不进入肺经，所以在肺栓塞时需要使用引经药物，帮助活血药物进入到肺经，一般较常使用的药物包括桔梗、苏梗。此外，桑白皮也有清肺的作用，同时可以帮助引经入肺。
还需要注意，治疗肺栓塞时，活血药物通常在1-2个星期内不能达到较好的效果，需要长时 间用药。并且需要注意，活血药物会伤胃，所以需要注意保护脾胃，通常用药时会配成丸药，减少对脾胃的刺激。