慢性萎缩性胃炎用中药的方法治疗行之有效，在临床上最主要的方法是辨证处方，还可以用中成药，配合药膳进行治疗。此外，针灸、艾灸、推拿都可以进行配合性治疗。如临床中有肝胃气滞证，可以疏肝理气、和胃降逆，用柴胡疏肝散加减。肝胃郁热证，治疗要清肝泻热、和胃止痛，可以用化肝煎与左金丸加减。此外，脾胃虚寒型非常常见，治疗以温中健脾、和胃止痛为主，代表方剂是黄芪建中汤。临床上，由于慢性萎缩性胃炎，伴有虚证较多，所以黄芪建中汤是临床上最常用的治疗慢性萎缩性胃炎的药物之一。
此外脾胃湿热证，可以清热化湿、和胃醒脾，可以 服用连朴饮加减。胃阴不足，要养阴和胃、理气止痛，可以用一贯煎与芍药甘草汤加减。另外还有一种类型为胃络瘀阻型，胃络瘀阻型在临床上比较常见，结合胃镜下表现，这一型可以灵活应用，最主要的要治以化瘀止痛，常用豉翘散与丹参饮加减。中成药也比较多，比如治疗气滞型的气滞胃痛颗粒、达立通颗粒，治疗脾胃虚寒的温胃舒胶囊、摩罗丹等。