如果父母已生过一个甲基丙二酸血症孩子，则遗传概率约为1/4，因为甲基丙二酸血症是常染色体隐性遗传疾病，主要指父母双方各自携带有一条致病染色体和正常染色体，故有1/4几率得到爸妈两条致病染色体，因此有1/4几率会发病，当然也有1/4几率是得到父母两条完全正常染色体，另外还有1/2的概率是患者有一条正常染色体，另外一条是致病染色体，表现为正常。
如果甲基丙二酸血症是自身基因突变所致，而非遗传自父母，此时二胎患甲基丙二酸的概率非常低，和普通人群相同。如果孩子确诊甲基丙二酸血症，也建议做基因检查，一方面能指导治疗，另一方面能指导父母再生育。