新生儿梅毒抗体也会转阴。新生儿出生后没有其它异常体征，且化验血清学检测梅毒抗体，也就是TPPA阳性，但非梅毒螺旋体RPR阴性或者RPR滴度低于母亲产前滴度4倍以内，这时不完全确认新生儿到底是否为先天性梅毒，也就是新生儿得不得先天性梅毒现在无法确认。此时新生儿出生后可能携带有母体内梅毒抗体阳性的结果，随着生长发育，随着时间流逝，抗体可以被血液稀释，可以逐渐消失，因此新生儿梅毒抗体也会转阴。
如果抗体转阴，也就是TPPA转阴，从而也排除新生儿先天性梅毒的诊断。目前来看，只有新生儿TPPA可能转阴，对于大多数后天获得性梅毒而言，TPPA是终身携带，通常不消失。