目前艾滋病患者难以治愈的主要原因是艾滋病病毒侵入人体以后会破坏人体的T淋巴细胞，并且寄存于人体T淋巴细胞内。目前的抗病毒治疗的目的是清除艾滋病病毒，但是目前的抗病毒治疗药物不能完全清除患者细胞内的艾滋病病毒。所以经过抗病毒治疗以后，可以使血液中病毒数量低于检测范围，但是寄存于细胞内的艾滋病病毒不能达到完全清除。所以服用抗病毒药物以后，患者的血液内检测不到病毒。但是停用抗病毒治疗以后，细胞里面的HIV又通过复制出现反弹。
所以目前艾滋病病毒不能达到完全清除，会导致艾滋病不能完全治愈。但是目前艾滋病可以达到功能治愈，患者需要长期服用抗病毒药物。