阴茎根部胀痛最常见于慢性前列腺炎，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、黏膜糜烂、前列腺腺体炎性肿大，阴茎根部、尿道出现炎性糜烂改变，阴茎根部出现隐痛或胀痛症状。部分病人还会出现精液感染，导致输精管走行区不适，下腹部、膀胱区隐痛或双侧睾丸坠胀不适或尿频、尿急、排尿不尽、尿分叉症状。
病人出现阴茎根部胀痛症状时需及时到男科或泌尿外科就医，通过精液细菌、支原体、衣原体培养通常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素如磷霉素氨丁三醇散、左氧氟沙星片、阿莫 西林胶囊、盐酸多西环素胶囊等药物序贯治疗4-6周左右，多数病人阴茎根部胀痛症状会明显好转。