儿童腱鞘囊肿一般选择保守治疗，严重的可以选择手术治疗。儿童腱鞘囊肿也比较常见，很多与儿童的不良习惯有一定关系。所以治疗要纠正不良的用手习惯，可以局部外用中药、消炎止痛的药水、药膏，局部做热敷、理疗。如果实在无法缓解，可以到医院找专业小儿骨科医生，一般都可以通过手法挤破。
有些腱鞘囊肿比较大，被膜比较坚韧可能很难挤破，可以通过手术治疗，把囊肿周围的囊壁和内容物整体切掉，就可以彻底治愈疾病。但对儿童存在手术瘢痕的问题，应该先纠正不良习惯。有的儿童喜欢咬手指、掰手指，会导致手指肌腱过度劳累、疲劳，产生无菌性炎症，导致腱鞘囊肿形成。