松果体区的细胞瘤应当以手术治疗为主。该肿瘤病理特性对放疗不敏感，部分患者在脑室附近分流术后虽然颅内压不高，但中脑受压的体征很明显，只有直接手术切除肿瘤才能解除对脑干压迫。通过手术能获得较大的肿瘤标本，对病灶性质的了解更全面，手术也可以最大限度的缩小肿瘤体积，以利于术后其他辅助治疗。
根据肿瘤的发展方向可以采取不同手术入路，松果体肿瘤常见手术入路包括幕下小脑上入路、枕叶下经天幕入路、经纵裂胼胝体后部入路，可根据肿瘤性质、位置、扩展方向和术者对入路的熟悉程度采取相应入路。
肿瘤未能全切且脑脊液循环梗阻未能解除，应当及时进行侧脑室腹腔分流做辅助治疗，术后还可以给予放射治疗。