新生儿房间隔缺损可能自愈，但与缺损部位以及大小有关。缺损面积小的新生儿，在1岁以内可能自愈，如中央型房间隔缺损在5mm以下时没有明显影响，可密切随访并观察缺损大小的变化，3个月左右做一次心脏彩超，观察缺损有无自愈可能。
超过1岁未愈合者，则自愈可能性较小，应考虑在2-6岁间进行介入或微创手术修补治疗，此时并发症少、风险较低，不会影响日常生活。手术前应定期到专科医院行心脏彩超检查，有利于了解病情发展情况。如果房间隔缺损较大如1cm以上，几乎没有自愈可能性，若导致患者生长发育及心脏功能受损，应尽早手术治疗，最佳手术时间在2岁以内。