高同型半胱氨酸的危害实际上也就是高同型半胱氨酸血症的危害，高同型半胱氨酸血症与血管性疾病，包括脑血管病和心血管疾病的发生有密切关系。高同型半胱氨酸血症可以造成血管内皮细胞的损伤，引起血管活性因子的改变，刺激血管平滑肌的增殖，还可以引起内皮细胞的凝血以及抗凝血功能紊乱。
国内外多年的临床及实验研究已经证明，高同型半胱氨酸血症与冠心病具有明显的相关性，并且血浆中高同型半胱氨酸血症与冠状动脉病变程度有相关关系。通过冠脉造影已经发现血浆的同型半胱氨酸越高，冠状动脉阻塞的分支就越多，同型半 胱氨酸浓度增加，使得颈动脉的狭窄也普遍性增加，且血浆中同型半胱氨酸高度程度与颈动脉疾患的严重性也成正比。