痔疮和肛瘘都是比较常见的肛周疾病，痔疮更为多见，但两者疾病有着较大差别。痔疮是发生于直肠下端或肛管周围的黏膜静脉曲张，即痔疮病变实质上是局部静脉曲张，而肛瘘是感染性病变，在肛门内有一个内口，在肛门外有一个外口，连接两者之间的是一个细长窦道。
痔疮的诱因中主要是和便秘、腹压增高有关，而肛瘘常常和感染有关，尤其是肛窦炎、肛周脓肿。肛瘘发生大多和肛周感染有密切关系，尤其在出现肛周反复发作、迁延不愈的肛周脓肿时。
在两种疾病的治疗过程中，痔疮大多可以通过保守疗法，如控制饮食、保持大便通畅并应用痔疮类药物，大多数痔疮的包块出血症状可以得到缓解。
而肛瘘大多需要通过手术，因为肛周感染简单通过切开引流，并不能彻底使肛瘘愈合。只有将漏管完整切开，使新生肉芽组织由内向外生成，才能彻底治愈肛瘘。