造血干细胞移植是治疗血液科的一些恶性疾病或造血衰竭的疾病，造血干细胞移植的流程相对比较复杂，分为自体干细胞移植和异基因干细胞移植，流程也不完全一样。
自体干细胞移植的流程首先有合适的患者，并不是所有的患者都能做自体干细胞移植，多发性骨髓瘤、恶性淋巴瘤，如果骨髓没有浸润或骨髓残留阴性，可以做自体干细胞移植。首先要准备的是给患者心理准备，要向患者交代做移植的注意事项，如移植花费，移植以后的一些并发症。采集干细胞需要动员，因为现在采干细胞，不像以前可以单纯采骨髓，现在冬眠期或血细胞单采集应用，可以把骨髓里的CD34阳性干细胞动员到外周血通过采集 。所以通过动员剂或化疗或粒细胞集落刺激因子，动员以后外周血的CD34干细胞达到一定数量后采集，采集以后要冷冻，冷冻以后再使患者做一些准备基因，层流室的给预处理。
所谓预处理就是通过大剂量放、化疗或单纯化疗，把患者的肿瘤细胞尽可能清除干净，再回输患者的干细胞。最后一步是回输干细胞，回输干细胞以后等待血细胞的造血恢复，这期间的流程是要注意患者进行支持治疗，对肢体造血干细胞的恢复。异基因干细胞移植的流程是要有合适的HLA配型供者，可以是半相合，可以是全相合，这个时候要给供者动员采集，其它和自体。但是治疗以后的流程是多了抗排斥治疗，比自体干细胞移植的并发症要多。