腔隙性脑梗塞的治疗方针是根据患者的年龄、病情程度和基础疾病等采取最适当的治疗，及时采取预防性干预，减少复发率、降低病残率。本病没有特异药物，其关键在于防治高血压、动脉粥样硬化和糖尿病等。
1、纯感觉卒中：纯感觉卒中的主要病理是血管脂肪透明变性，巨噬细胞内充满含铁血黄素，提示红细胞外渗，因此禁用肝素等抗凝剂，但仍可以使用阿司匹林、双嘧达莫；
2、纯运动型：纯运动型的较少发生血管脂肪变性，可以应用肝素、东菱精纯克栓酶(巴曲酶)和蝮蛇血凝酶，但要警惕出血倾向；
3、器质性重症抑郁：腔隙性脑梗塞后，常会有器质性重症抑郁 ，抗抑郁药物患者常不能耐受，推荐选择性5-羟色胺重摄取抑制剂，治疗卒中后重症抑郁较为安全、有效，没有明显的不良反应；
4、无症状的腔隙性脑梗塞：对于无症状的腔隙性脑梗塞，主要是针对其危险因素，如高血压、糖尿病、心律失常、高脂血症、高粘血症及颈动脉狭窄等，进行积极有效治疗，对降低复发率至关重要。