左侧和右侧隐睾治疗方法相同，但与双侧隐睾可能会存在区别。因为一般隐睾可能伴有下丘脑-垂体-性腺轴异常，如果是激素异常导致的隐睾，多半是双侧，此时可以采取HCG治疗。HCG治疗主要是用于双侧隐睾或手术难度较大者，应用HCG后可以增加睾丸血供，方便进行手术。大部分建议手术治疗，出生以后6个月睾丸还没有下降，则建议尽早手术，一般药物、激素治疗效果较差。
如果青春期还是隐睾，可能已经恶变，需要注意观察睾丸的形态。如果发现睾丸发育较差或不能够进入到阴囊，必要时可以进行睾丸切除。隐睾的治疗分为开放性手术和腹腔镜手术，初级隐睾可以进行开放性手术， 位置较高的隐睾建议进行腹腔镜手术，下降的可能性较大。此外，还有较少见的手术方式如自体睾丸移植，但不属于广泛采用的方式，不作常规推荐。