上厕所如果出现小便刺痛，其原因如下：
1、泌尿系统感染：对于上厕所出现小便刺痛，需要考虑有无泌尿系统感染。患者除出现小便刺痛外，还会有尿频、尿急等症状。所以对于患者，首先需要去医院做尿常规检测，若尿常规中，白细胞指标超高，而白细胞超标是每高倍视野白细胞＞5个，进而可以诊断为泌尿系统感染。如果一旦诊断为泌尿系统感染，则要给予患者抗菌素进行治疗。通常对于泌尿系统最常用的抗菌素是喹诺酮类抗生素，即沙星类，如氧氟沙星、诺氟沙星等，在吃抗菌素3天后可以复查尿常规；
2、慢性前列腺炎：如果尿常规完全正常，则要考虑其他疾病，如男性需考虑慢性前列腺炎，因为慢性前列腺炎患者会出现排尿时小便刺痛，多数患者还会出现小腹部、会阴部、睾丸腰骶部的酸胀、不适，部分患者还会伴有尿频、尿急、排尿不畅的情况；
3、尿道口的问题：对于女性，需要考虑尿道口有无特殊问题，通常要给患者进行妇科检查去观察尿道口有无尿道肉阜或有无其他异常。
所以如果出现小便排尿时疼痛，先要去医院查尿常规，除外泌尿系统感染后，还要警惕部分其他相关疾病。