扁桃体发炎可口服头孢克肟，但仅有急性化脓性扁桃体炎时，可考虑应用抗生素，通常首选青霉素类，如阿莫西林。如果患者对青霉素过敏，可选择头孢类抗生素，如头孢克肟。
但需要准确判断是否为化脓性扁桃体炎，如果并不是化脓性扁桃体炎，而是非化脓性扁桃体炎，则可能与病毒感染有关，无需应用抗生素治疗。病毒感染导致扁桃体发炎，虽然出现咽痛，但疼痛程度相对轻，扁桃体表面可有红肿，但通常并无明显的化脓表现，此时可观察，通常3-5天内可逐渐缓解，患者可以出现发烧，但会在3天内逐渐消退，上述症状1周左右缓解。如果扁桃体出现化脓，说明存在细菌感染，链球菌感染较为常见，通常首选青霉素药物。