碘-131治疗的利弊分为两种疾病，碘-131治疗甲亢以及治疗甲癌。甲亢应用放射性同位素治疗，疗效非常确切，安全性高、治愈率高、复发率低，这些特点被人们越来越接受了。但治疗方法也有不足之处，让很多人没法接受的最大的问题，是相当一部分甲亢患者会在治疗之后转变成甲状腺功能减低，需要长期补充甲状腺激素。补充的甲状腺激素就是甲状腺自身分泌的一种激素，吃进去甲状腺激素之后，人体内有时候没办法分辨出是自身分泌还是服药，非常安全。甲亢患者不管用什么方法治疗，都有甲状腺功能减低的可能，据统计每年是有3%的几率发生此情况。甲状腺功能减低相对于甲亢来说非常容易诊断和治疗，只要服药恰当和健康人没有什么不同。
甲状腺癌的治疗，只要是分化型甲状腺癌就需要用同位素碘-131治疗，好处就是治疗必须所需。但治疗之后有可能对患者的唾液腺产生损伤，发生嘴干的症状，都可以在治疗之后服用维C或者嚼口香糖、吃含酸性的糖果之类预防。总的来说，碘-131治疗甲亢或者癌还是利大于弊。