急性扁桃体发炎，主要是由于细菌感染引起的，所以治疗时要采用抗菌治疗，也就是通常说的要用消炎药治疗。在消炎药的选择上，一定要选择对细菌比较敏感，不容易产生耐药的药物，比如常用的二代以上头孢类的，还有盐酸莫西沙星等药物。
同时对于急性扁桃体炎，也可以加用中成药，比如常用的复方双花片、蓝芩口服液、丹参酮胶囊，配合中成药的治疗，会对急性炎症的治疗起一定促进作用。另外在扁桃体发炎时，也有可能会伴有发热等症状，可以适量应用退热药。
同时也要注意多休息，清淡饮食、多饮水，保证充足的睡眠，还可以适量补充维生素，通过辅助治疗，也可以促进扁桃体炎尽快恢复。