自身免疫性脑炎总体来说预后良好，80%左右的抗NMDA受体脑炎患者的功能恢复良好，具体情况如下：
1、早期接受免疫治疗和非重症患者的预后比较好；
2、对于重症的抗NMDA受体脑炎，患者的平均重症监护病房治疗大约是1-2个月，病死率在2.9%-9.5%左右，少数患者完全康复需要2年以上；
3、抗LG|1抗体相关脑炎患者的病死率大约是6%；
4、抗GABAR抗体相关脑炎如果合并小细胞肺癌，则预后比较差；
5、部分自身免疫性脑炎患者在症状好转或者病情稳定2个月以后，重新出现症状或者症状加重，就视为病情复发，抗NMDA受体脑炎的复发率大约是12%-31.4%，可以单次复发或者多次复发，复发的间隔一般是 平均5个月；对于肿瘤阴性和没有应用二线免疫治疗或者长程免疫治疗的患者，其复发率比较高；
6、对于自身免疫性脑炎的并发症，像睡眠障碍，精神异常等，在有效的免疫治疗以后，也可以逐渐的好转。所以对自身免疫性脑炎应该早期诊断、早期正规的免疫治疗，坚持长期的长程的免疫治疗，以减少复发，改善预后。