甲状腺疾病分为弥漫性、结节性病变。弥漫性病变主要是炎症性病变，与免疫相关的是桥甲状腺炎，和感染性病变相关的是亚甲炎。两者差别在桥本甲状腺炎图像是弥漫性、回声不均，有散在回声减低区。亚甲有感染病史，做的过程中有触痛，回声表现单侧叶或双侧叶，有局部回声减低区，边界不太清楚，血流有时较丰富，可帮助鉴别。
甲状腺结节性病变有良性、恶性结节，良性结节最多见的是结节性甲状腺肿、腺瘤。恶性病变最多见的是甲状腺乳头状癌，结节性甲状腺肿多发，边界较清，有囊实性改变。腺瘤单发有包膜 ，周围有血流环绕。甲状腺癌最多见的是甲状腺乳头状癌，回声较低，纵横比大于1，没有明显包膜，有微钙化。