无痛肠镜检查采用的是全身静脉麻醉，患者在睡眠中进行肠镜检查，几乎无痛苦。如果患者选择行无痛肠镜检查，检查当日必须有人陪同，以保证麻醉苏醒过程中患者的安全。此外检查后患者需要休息，12个小时之内避免饮酒，因为酒精会增强麻醉效果。无痛肠镜检查后的当天不能开车，不能进行高空作业或者骑行等，以免意外发生。尽量不要做需要精细运算的工作，不能签署重要的文件以及做重大的决定。
肠镜检查术后少部分患者会有轻微的腹痛、腹胀，一般在排气后会缓解。如果在肠镜检查过程中发现息肉，需要同时进行息肉治疗，随后需遵医嘱进行饮食控制和休息。