灰指甲医学称为甲癣，本质是一种真菌感染，其治疗一般以综合治疗的方式，常用外用药膏，如特比萘芬、酮康唑、联苯苄唑等对甲癣有效果的外用抗真菌软膏。
用药前需确认引起儿童甲癣的真菌感染类型，可以取指甲的碎屑进行检查，有助于帮助判断真菌感染的类型，再使用对症的药物效果较好。甲癣的治疗相对比较困难，不太容易根治，所以用药要保证足疗程，一般要在2-4周以上。
如果外用药效果不好，可以结合全身用药，如口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，口服抗真菌药相对副作用较大，需通过医生确认儿童的情况后，在医生指导下用药。也可以联合用药，如口服加外用，还可以结合局部的治疗如拔甲，都有助于儿童甲癣的治疗。