HPV感染在治疗期间是不建议同房的，任何一种疾病如果是在上药的期间，阴道里面有药物，这时同房都是不合适的。首先任何的情况下如果需要阴道上药，就说明疾病还没有治好，这时如果是在疾病的急性期去同房，一个是容易造成生殖道的感染，再有性生活的质量也会大大的下降，所以不建议女性在阴道内有上药的时候去进行性生活。包括阴道炎也是一样的，如果阴道炎在上药期间进行性生活，不仅会影响到药物对于疾病的治疗效果，同时还有可能造成新的感染。
而HPV病毒用药往往是使用干扰素阴道凝胶，在这时如果进行性生活，干扰素凝胶对于HPV病毒的治疗作用会受到影响。并且还有可能会由于性生活引起阴道的炎症，更加干扰了治疗效果，所以在上药期间是不建议进行性生活。