松果体囊肿的成因，目前为止没有确切结论。部分学者认为可能是由于头部受到外伤，在修复的过程中引发，也有学者认为可能是与基因突变有关。部分松果体囊肿属于先天性因素，在发育的过程中导致。
若发现存在松果体囊肿，需观察松果体囊肿的大小以及所引发的症状，大部分松果体囊肿没有症状，而且本身不是肿瘤。因为肿瘤有不断增长的倾向，囊肿可能长期静止，定期进行复查即可，比如1-2年做一次头部的CT或者核磁，密切关注囊肿的变化。在观察的过程中，如果发现松果体囊肿有明显增大，甚至引起症状，比如引起脑积水症状或者引发头疼、头晕 、恶心、呕吐以及视神经乳头水肿等一系列颅内压增高的症状，或者还引起临近的下丘脑症状，此时需将其切除。推荐用内镜进行微创的松果体囊肿切除术，创伤比较小，患者恢复也非常快，容易被广大患者所接受。