男性畸形精子率较高需进行相应治疗，精子发生、发育及成熟过程较为复杂，会受到各种因素影响。造成精子畸形率增高的因素可以是基因突变、常染色体异常、Y染色体微缺失等遗传因素，也可以是高温、辐射、药物、化学物质、感染等后天性非遗传性因素所致。首先考虑导致精子畸形的原因是遗传因素还是非遗传因素，由于遗传因素形态学方面改善较为困难，患者如果怀疑为遗传所致，则应尽早选择辅助生殖治疗并进行染色体检查等遗传学检查。
对于非遗传性因素则应 分析与精子畸形相关的有害因素，患者可评估自身生活环境和习惯，是否经常处于高温环境，或有吸烟、酗酒、长期熬夜等不良习惯，以及是否接触大剂量辐射等，若存在此类情况则需尽快调整避免。另外，还需进行相关医学检查，评估是否存在生殖道感染、精索静脉曲张、内分泌等情况。通过合理有效治疗，多数畸形精子症患者可取得满意疗效。若经过治疗仍无法自然授孕，则可选择辅助生殖治疗。在试管婴儿技术中，通常会选择活力和形态最为优秀的精子与卵子进行配对，从而提高成功率。