原发孔房间隔缺损和继发孔房间隔缺损在胎儿发育时的机制不一样。继发孔房间隔缺损通常是指第一间隔或第二间隔的发育缺失，而导致的房间隔缺损。继发孔房间隔缺损通常分为上腔型房间隔缺损、中央型房间隔缺损和下腔型房间隔缺损，以及混合型或者静脉窦型的房间隔缺损。
原发孔房间隔缺损往往又被称为房室管畸形或者心内膜垫缺损，是一种部分性心内膜垫缺损，除了房间隔缺损以外，在邻近瓣膜的根部、心脏十字交叉部位会产生缺损，这是临床确诊特点。患者除了房间隔缺损以外，很容易合并二尖瓣列缺或三尖瓣列缺， 另外还会合并瓣膜功能障碍。