头孢克肟和阿奇霉素在药物代谢的角度可以同时使用，同时使用时没有代谢方面的相互作用。头孢克肟和阿奇霉素分别属于不同类别的抗菌药物，抗菌机制和抗菌谱也有所区别。如果临床中需要联合使用，能够起到协同的治疗作用。
头孢克肟属于头孢菌素类药物，主要通过抑制病原菌细胞壁的合成，起到抗菌的功效。此药物是广谱抗菌药物，对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌具有一定的抗菌活性。阿奇霉素属于大环内酯类的抗菌药物，主要是通过抑制蛋白质的合成，从而起到抗菌的效果。主要是对革兰氏阳性菌，以及非典型病原菌，比如衣原体、支原体，起到明显的抗菌作用。
头孢克肟和阿奇霉素联合使用，可以在抗非典型病原菌方面起到补充作用。使用上述药物时需要注意，在抗感染治疗中优选单一的治疗方案，只有当临床确实需要联合应用时，才考虑使 用2种抗菌药联合使用，需要加强不良反应的监测。