腓骨肌萎缩症目前暂无针对病因的特殊治疗，主要进行对症支持治疗，需多学科密切合作，主要内容如下：
1、康复与矫形治疗：被动肌肉拉伸使运动维持正常姿势平衡，对防止肌腱萎缩与维持正常步态有重要作用。鞋托、矫形鞋与其他辅助设备等，对防止畸形进展与改善行走能力也有较大帮助；
2、手术治疗：腓骨肌萎缩症足部畸形属于逐步进展过程，儿童期与青春期患者主要表现为柔性高弓内翻足畸形，随年龄增长可发展为固定畸形，约15%-25%腓骨肌萎缩症患者可能会存在脊柱畸形，外科手术主要用于骨骼畸形矫形治疗；
3、药物治疗： 疼痛为腓骨肌萎缩症患者常见症状，主要与骨关节病、骨骼畸形与姿势异常有关。部分患者因肌肉疲劳也会导致疼痛，可适当应用消炎镇痛与神经止痛药物进行对症处理。