输尿管和肾盂部位的肿瘤在早期很难发现，如果要进行检查，超声检查是首选，但肿瘤可能要比较大，至少超过1-2cm才能在超声上看到，肿瘤在2cm以内时在CT上是比较模糊的状态。对于输尿管肿瘤，在泌尿外科有输尿管镜检查，但对于输尿管肿瘤是否进行输尿管镜穿刺检查目前很有争议。
对于输尿管肿瘤在临床上更依赖于影像学检查，如CT怀疑是肿瘤，可以再进一步做PET-CT检查，因为肾盂输尿管肿瘤类型基本上是尿路上皮癌， PET-CT比较敏感，如果普通影像学不能确诊，可以做磁共振或进一步做PET-CT来进行检查。针对肿瘤人群，PET-CT的特异性和敏感性都非常强。如果PET-CT也高度怀疑，可以进行手术切除，根据手术病理确诊是否为恶性肿瘤。