新生儿肺动脉高压是出生后的肺血管阻力持续性增高，导致循环发生障碍，可以看到心房水平，或者动脉导管水平出现异常。血液从右向左分流，如右心房、右心室、肺动脉称为右，左边是从左心房、左心室，以及主动脉这一边。因此右心房血液向左心房分流，肺动脉的血液向主动脉分流。肺动脉、右心房、右心室流的是静脉血，出现右向左分流时，患儿会出现严重的低氧血症，而且会有发绀的症状。
儿童出生后，因有肺炎或胎粪吸入，引起儿童肺血管对外界的适应不良，没有较好的舒张。胎儿在宫内时长期慢性缺氧、肺血管发育差，肺血管肌肉层较厚，此时会较严重，相对 上一种情况预后较差。肺发育不全，特别是先天性膈上或者肺动脉阻塞，胎儿会引起一叶肺，甚至一侧肺的发育不良，这种情况下，儿童整个肺循环阻力会较高，儿童的预后较差。