造成手部小肌肉萎缩的原因非常多，可以根据萎缩的部位，必要时结合肌电图检查才能明确。
1、周围神经病变：比如手部尺神经病变，可能会导致小鱼际肌萎缩，可能还会伴有感觉减退，像是拇指的大鱼际肌，还有骨间肌的萎缩，可能跟桡神经病变有关；
2、运动神经元病：比如肌萎缩侧索硬化的早期，也可能表现为手部一些小肌肉萎缩、无力，然后逐渐发展到前臂和上臂。除了肌肉萎缩之外，肌萎缩侧索硬化可能还会有反射的亢进、病理反射的阳性等；
3、颈椎病：一些颈椎病压迫脊髓前角的时候，可能也会出现手部小肌肉的无力和萎缩。
根据萎缩部位判断肌肉萎缩的原因有困难，有时候可能还需要结合肌电图，像针极肌电图。根据其是神经元性的还是肌源性的，而且是否有巨大电位等，才能判断具体的病因。